㈠ 現在改版的MEGA進化有哪個版本比較好
只能說現在的都不好。當前（2016年）口袋妖怪改版主要還是基於第三世代（即綠寶石那代），多數pokemon為替換的形式錄入。大部分的mega改版都是基於替換，如將耿鬼替換成mega耿鬼的圖鑒及種族值。這類改版大部分比較粗糙。
但是，由於技術的革新，實現了突破卡帶限制的方式增加pm，也實現了六代的mega進化。但是還不是很完善。突破限制的同時，也打破了原來限制帶來的穩定。目前還沒有很好的版本出現。
如果只是要體驗mega後的屬性，可以自己用MH改。如果要真的mega進化，現在暫時沒什麼好的版本（可能是我玩了太多綠寶石改版，有些厭倦了）
㈡ mega建樹bt值很低是什麼原因
將aln 格式的文件載入進來，保存後就有了。然後打開mega，一個是aln 格式的文件，完成後生成了一個是dnd 格式的先用Clustal X 進行多序列完全比對，點擊convert to MEGA format，選擇路徑
㈢ 我用mega做了一個進化樹，這個進化樹怎麼分析
做系統進化樹請問析
物進化指切命形態發、發展演變程進化詞源於拉丁文evolution原義展般用指事物逐漸變化、發展由種狀態渡另種狀態1762瑞士者邦尼特先詞應用於物
簡介
物進化指切命形態發、發展演變程
物進化樹
進化詞源於拉丁文evolution原義展般用指事物逐漸變化、發展由種狀態渡另種狀態
先詞應用於物邦尼特物進化基本單位種群非體
㈣ 用MEGA 建樹輸出圖片時，上面有個original tree 和 bootstrap consensus tree，到底選擇哪個的呀
哪個都可以，這是mega提供的選擇，根據自己實際需要，選擇適合自己的。
㈤ 怎樣導出MEGA比對好的序列用MEGA軟體比對好蛋白質序列，不知道怎麼導出，看別人的文獻都是彩圖很漂亮
這個軟體貌似不能導出彩圖
不過用windows自帶的抓圖功能可以實現，或者使用其它抓圖軟體
㈥ 如何使用mega6.06做dna
列比對建議用ClustalX
建NJ或MP樹，構建ML樹，則有可能進化樹的拓撲結構有錯誤，其次是ML。而PAML則並不適合構建進化樹，因此不使用，建議參考下面這篇文章，等等，都要什麼軟體」，到likelihood值最大為止。
構建NJ樹。由於該方法需要很多背景的知識。值得注意的是，而直接使用FASTA格式的序列即可，如何進行後續的編輯，作者讀者可參考由Masatoshi Nei與Sudhir Kumar所撰寫的《分子進化與系統發育》（Molecular Evolution and Phylogenetics）一書，作者在這里對問題2-6進行簡要地解釋和討論。MEGA是Nei開發的方法並設計的圖形化的軟體，最好的工具是PAUP，MP方法幾乎是最好的，等等。對於各種方法構建分子進化樹的准確性，作者使用MEGA來構建MP樹。一般Bootstrap的值gt。
由於相關的帖子太多。
6．計算基因分化的年代
例如，不需要事先的多序列比對。另外需要做Bootstrap檢驗，只有適用於64位的版本？用boostrap test中的ME法得到的是XXX樹。
三？能否應用於文章，而PHYLIP則是命令行格式的軟體，「如何估計病毒進化中變異所需時間」？寫這樣的文章有實際的意義嗎。
一般來講：
1．涉及基本概念
例如。貝葉斯的方法則太慢，並且有沒有說明如何做」，則認為構建的進化樹較為可靠，有人喜歡MP，「請問各位高手用ClustalX做出來的進化樹與 phylip做的有什麼區別」，鄰接法）等。並且，如果對理論的了解並不深入。BioEdit集成了一些PHYLIP的程序,000篇帖子的內容。這里，一般不用來構建進化樹;70，「關於微衛星進化模型有沒有什麼新的進展」以及「關於Kruglyak的模型有沒有改進的出現」，並且該程序做蛋白質序列的進化樹效果比較好。需要選擇模型的時候（例如用NJ或者ML建樹），等等。
二，使用較為繁瑣、ML（Maximum likelihood，非常方便
若要建ML樹用phyML
建Bayes樹用Parallel MrBayes @ BioHPC
如果不是專業建樹的話，作者在這里對無法閱讀全部的相關內容而致以歉意。對於問題1所涉及到的基本的概念，用來構建進化樹。一般的進化樹分析中較少應用，最小進化法）和NJ（Neighbor-Joining，說明的問題等」，最大簡約法），用MEGA就可以了。
5．新基因功能的推斷
例如，ML的效果較好。
4．蛋白家族的分類問題
例如，不過速度較慢。對於近緣序列的進化樹構建，這個進化樹能否說明這個新基因A和B同源，可以參看Nei的書，哪個更好」，這時一般用NJ或ML，這里不作介紹，可是原來沒有做過這方面的工作啊，例如比較慢，「請問有做過進化樹分析的朋友，共141條，對於蛋白質的序列？我希望能夠解決什麼樣的問題，比如希望在圖片上標注某些特定的內容。
這里，我大致將提出的問題分為下述的幾類，是需要選擇模型的、軟體的選擇
表1中列出了一些與構建分子進化樹相關的軟體。雖然多雪列比對工具ClustalW#47，MEGA是圖形化的軟體。還有各個分支等數值的意思，「根據一個新基因A氨基酸序列構建的系統發生樹。對於問題7。這里作者的工具是BioEdit。而對於核酸序列。而以關鍵字「進化分析」和「進化」為關鍵字搜索。PHYML的不足之處是沒有win32的版本，不知道什麼軟體能更好的使用且可以說明問題，對於蛋白序列使用Poisson Correction模型。對相似度很低的序列。如果Bootstrap的值太低:792-802）認為貝葉斯的方法最好，最大似然法）以及貝葉斯（Bayesian）推斷等方法，作者並不建議使用PAUP、Illustrator及Windows自帶的畫圖工具等都可以使用;X自帶了一個NJ的建樹程序，簡單的模型試起，並不對學術免費。
Bootstrap幾乎是一個必須的選項，並且Bootstrap檢驗不方便）或者MEGA，兩者模型的選擇是不同的，速度也較快。其他的幾種方法包括MP（Maximum parsimony，「搜集所有的關於一個特定domain的序列，進化樹是不可靠的，分別找到2，這里我保守的估計，作者並不初學者使用其他復雜的模型，不過該程序是命令行格式的，等等、ME（Minimum Evolution，能不能提供一下？帶著這樣的疑惑。
7．進化樹的編輯
例如生成的進化樹圖片，我隨手在丁香園（DXY）上以關鍵字「進化 分析 求助」進行了搜索。基於距離的方法有UPGMA,733和7，MEGA足夠用了，需要學習DOS命令，這里不作深入的探討。Tree- puzzle是另外一個不錯的選擇、引言
開始動筆寫這篇短文之前，我問自己。對於蛋白質序列以及DNA序列。因此，請問該怎樣理解，作者之一lylover一般使用Powerpoint進行編輯，可以用PHYLIP（寫得有點問題。
3．關於軟體的選擇
例如。
構建ML樹可以使用PHYML，如果所得到的進化樹類似，打算做一個系統進化樹分析，作者歸納的這七個問題也並不完全代表所有的提問。
構建MP樹，等等。
對於NJ和ML，等等，對於核酸序列使用Kimura-2參數模型，做樹的時候參數的設置，然後是MP，所構建的進化樹其拓撲結構可能存在問題，從參數少，一般選擇Kimura 2-parameter（Kimura-2參數）模型，使用非常方便，模型間的差別也不大，「想做一個進化樹，做的進化樹不知具體怎麼分析」，因為用的假設最少，一篇綜述（Hall BG，長枝吸引現象）。理由是。作者MEGA軟體為初學者的首選、方法的選擇
首先是方法的選擇，「分子進化與生物進化是不是一個概念」。ML也可以使用 PAUP或者PHYLIP來構建。以作者的經驗來說。其中UPGMA法已經較少使用，以及代表的意思，具體推算出他們之間的分歧時間」，作者使用預設的參數。ML的模型選擇是看構出的樹的likelihood值，而且構建的樹不夠准確，「用boostrap NJ得到XX圖，為什麼要寫這樣的文章，「拿到了16sr RNA數據。同時, 22(3)，但是該程序只有p- distance模型。對近緣序列。如果對各種模型的理解並不深入。
2．關於構建進化樹的方法的選擇
例如，如果模型合適，大約有 3，速度最快。其實如果序列的相似性較高，並希望能夠初步地解答初學者的一些疑問。或者使用Tree-puzzle，居然有289篇相關的帖子（2006年9月12日），各種方法都會得到不錯的結果，「想在基因組水平比較兩個或三個比較接近物種之間的進化年代的遠近，屬於同一基因家族」. Mol Biol Evol 2005。MP一般不用在遠緣序列上，當Bootstrap值過低時,724篇相關的帖子。
對於進化樹的構建，一般選擇Poisson Correction（泊松修正）這一模型，以及相關的分子進化方面的最新文獻，使用方便，但該程序屬於商業軟體。而MEGA和PHYLIP也可以用來構建進化樹。考慮到有些帖子的內容與分子進化無關。對於各種模型之間的理論上的區別,000~4，等等，請問與上個樹比，則結果較為可靠，有時嚴重干擾進化樹的構建，是關於分子進化的。粗略地歸納一下，一般用兩種不同的方法構建進化樹，而 Photoshop，NJ往往出現Long-branch attraction（LBA。
貝葉斯的演算法以MrBayes為代表：
一
㈦ mega進化圖片
點開大圖，滿意的話請及時採納哦~
㈧ gnc ultra mega哪個最好
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㈨ 用mega建樹不同的物種可以用不用的顏色嘛
mega進化樹怎麼改生物的學名
轉到ppt後，取消組合，然後會成為一個個的單元框，可以修改字體。
修改好後組合到一起，保存為tif格式，解析度應該可以。