❶ 利用schrodinger（薛定諤軟體）計算蛋白口袋的體積
利用薛定諤軟體計算蛋白口袋體積的步驟如下：
確保軟體安裝：
- 設置薛定諤軟體的安裝路徑，並確認軟體已成功安裝。
准備蛋白文件：
- 選取一個蛋白體系作為示例，如4yc0蛋白。
- 將該體系保存為.pdb文件，並確保文件中僅保留ATOM和HETATM行，其他內容刪除。
導入並預處理蛋白文件：
- 使用薛定諤軟體導入上述.pdb文件。
- 執行「protein preparation」模塊中的「Import and Process」操作，進行預處理和氫原子添加。注意，此過程無需進行優化，以保持原子坐標穩定，確保計算結果的准確性。
執行計算命令：
- 根據需求，選擇以配體為參考或殘基為參考來計算口袋體積，並執行相應的計算命令。
查看計算結果：
- 計算完成後，查看並記錄口袋體積的結果。例如，以配體為參考的口袋體積可能為239.07 ?3。
注意：上述步驟中的命令和具體參數需參考薛定諤軟體的官方文檔或幫助信息，以確保正確執行。通過遵循這些步驟，您可以利用薛定諤軟體高效、准確地計算蛋白口袋體積，為後續研究提供重要數據支持。